Los conflictos éticos son una parte inevitable del trabajo encubierto. A menudo se requiere que los oficiales establezcan amistades y relaciones con los sospechosos a quienes eventualmente traicionarán en la sala del tribunal. La constante necesidad de pasar de una persona criminal a la verdadera identidad del oficial también puede romper o forzar las relaciones familiares. Dejados solos durante largos periodos, los oficiales pueden estar más dispuestos a recortar esquinas éticas, especialmente si ven mejores perspectivas de empleo en el futuro.
Relaciones traicionadas
Para los agentes encubiertos, construir casos significa formar relaciones cercanas con los sospechosos que eventualmente traicionarán. El ex agente federal Billy Queen lidió con estas realidades durante una investigación de dos años de la pandilla de motociclistas mongoles, "The Washington Post" informó en octubre de 2005. Queen no se hacía ilusiones sobre la tendencia de los mongoles a la violencia, aunque le gustaban muchos de ellos personalmente.. El estrés del malabarismo con estas emociones conflictivas eventualmente obligó a la reina a retirarse de la Oficina de Alcohol, Tabaco, Armas de Fuego y Explosivos de los EE. UU.
Riesgos de corrupción
Uno de los conflictos encubiertos más antiguos es tener que hacerse pasar por delincuentes sin cruzar la línea. El jefe de la policía nacional filipina, Jesús Verzosa, expresó esta razón para prohibir el uso de sustancias ilegales durante las investigaciones de drogas, informó la red ABS-CBN en febrero de 2009. La orden del jefe siguió los informes de que 221 de 25.134 policías habían fallado las pruebas de drogas. Un escándalo similar sacudió el recinto del sur de Brooklyn de Nueva York, donde cuatro oficiales fueron arrestados y seis más suspendidos por recompensar a los informantes con drogas, según el "New York Times" en enero de 2008.
Problemas de identidad
Aislados de la familia y los amigos, los agentes encubiertos luchan por equilibrar sus identidades reales y supuestas. El trabajo de Queen contra los mongoles obligó a la reubicación de su ex esposa y sus dos hijos, que no tenían idea de lo que estaba sucediendo, señaló el "Washington Post". Los oficiales británicos también han sido acusados de intercambiar sexo por información. Un tribunal citó estas preocupaciones al anular la condena por asesinato de Colin Stagg, "The Guardian" informó en enero de 2011. El fallo siguió a los informes de que una policía encubierta inició una relación con Stagg para obtener una confesión.
Integridad perdida
A pesar de sus riesgos y tensiones, el trabajo encubierto sigue siendo una propuesta atractiva para los detectives y policías que buscan una carrera a largo plazo. El encubrimiento en la ciudad de Nueva York puede garantizar una promoción de detectives en 18 meses, en lugar de entre tres y cinco años, según el "New York Times". Tales procesos también pueden generar una mentalidad de corte de esquina que puede dañar la reputación de una agencia. En 2003, por ejemplo, 30 oficiales de narcóticos fueron transferidos fuera de Brooklyn South por supuestamente haber ahorrado $ 30,000 en horas extraordinarias del departamento, informó el "New York Times".
